Dalam rangka pengelolaan limbah cair medis dan domestik di Puskesmas Kragan 1 agar memenuhi baku mutu lingkungan sebelum dibuang secara rutin di lakukan pengecekan melalui Pelaksanaan Instalasi Pengolahan Air Limbah (IPAL). pelaksanaan IPAL ini bertujuan untuk memantau limbah cair, umumnya dilakukan di titik inlet (masuk) dan outlet (keluar) menggunakan metode sampel sesaat (grab sample) atau komposit dengan menggunakan Parameter fisik dan kimia yang umum diuji meliputi pH, Suhu, Total Dissolved Solids (TDS), Total Suspended Solids (TSS), BOD, dan COD.

Secara terperinci tujuan utama dari pengolahan IPAL sebagai Perlindungan Lingkungan wilayah dan memastikan limbah Puskesmas Kragan 1 yang dibuang tidak mencemari ekosistem perairan dan air tanah di lingkungan sekitar, serta sebagai bukti Pemantauan Kepatuhan (Regulasi) instansi Puskesmas Kragan 1 dalam pengolahan air limbah hasil olahan memenuhi standar baku mutu yang ditetapkan pemerintah.